差速離心分辨能力較差，一般不能獲得理想純度，沉淀不能達回收。

對于有活性料，需要認真選擇RCF與離心時間，否則受過大離心力的壓力作用，有些顆粒受擠壓而變形甚至破裂失去活性。生物顆粒表面由于一些大分子等以三級結構相互接觸，緊緊擠壓在一起，形成不可逆的氫鍵結合、粘黏，使原有活性消失或減退，形成廢品餅子，所以形成沉淀的離心力絕不是越大越好。

差速離心中樣品的產率與純度是矛盾的，要求純度高、產率就會低。